Algemeen bestuur
Het bestuur is het hoogste orgaan binnen de stichting. De bestuursleden zijn actief betrokken bij de verschillende activiteiten van de organisatie en elk lid heeft een specifieke taak. Hoewel elk van de partnerorganisaties een eigen bestuur heeft, is het bestuur van Chakana Nederland toezichthouder zolang de partnerorganisaties nog niet voldoende capaciteit bezitten om geheel zelfstandig en onafhankelijk de verantwoordelijkheid voor het beheer en bestuur van hun organisaties op zich te nemen.
Directie
De directeur van Chakana Nederland is co-oprichter Hilvert Timmer (sinds 2002). Timmer leidt daarbij het zogenaamde Chakana Internacional en zorgt als zodanig voor aansluiting tussen de organisaties en voor capaciteitsopbouw bij de partnerorganisaties. Directeur bij Chakana Bolivia is co-oprichter Hernán Huaycho Pacajes (2002) en bij Chakana Peru Miguel Ángel Torres Farfán (2009). De directeuren van Bolivia en Peru komen tenminste tweemaal per jaar samen voor overleg in het partnerplatform. Dit partnerplatform fungeert als een Zuidelijke Adviesraad voor het bestuur in Nederland.
Comité van Aanbeveling
Het Comité van Aanbeveling bestaat uit mensen die de prestaties van Stichting Chakana kennen en waarderen. Zij zijn als steun en aanbeveling vanaf de zijlijn betrokken bij de activiteiten van Chakana.
Projectcoördinatoren Bolivia en Peru
De projectcoördinatoren in Bolivia en Peru zorgen voor de opzet, uitvoering, evaluatie en rapportage van de projecten. Zij sturen de uitvoerders aan - veelal de inwoners van de dorpen - en zetten zich in voor een goede voortgang. Ook zorgen zij ervoor dat de projecten goed gedocumenteerd worden, zodat verantwoording kan worden afgelegd aan financiers en het stichtingsbestuur.
Teams Nederland
In Nederland werken onder de directeur vier afzonderlijke teams: het Team PR/Communicatie, Team MVO/fondswerving bedrijfsleven, Team Kenniscentrum, Team Ondernemerschap en Team Ondersteunende Diensten. Deze teams houden zich bezig met de dagelijkse ondersteunende activiteiten zoals fondswerving en kennisuitwisseling, nodig om de projecten in Bolivia en Peru succesvol uit te kunnen voeren.
